中共云南省疾病预防控制中心委员会坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，认真贯彻落实新时代党的建设总要求，聚焦坚持党的领导，加强党的建设，打造坚强战斗堡垒，焕发基层组织活力，以高质量党建引领保障疾控事业高质量发展。 中共云南省疾病预防控制中心委员会下设5个党总支，共25个党支部。2020年被云南省委、省政府授予“云南省抗击新冠肺炎疫情先进集体”“云南省先进基层党组织”称号；2022年被云南省委、省政府授予“云南省卫生健康先进集体”称号。

党的十八大以来，习近平总书记高度重视党员干部队伍作风建设，多次强调“切实把党风廉政建设当作分内之事、应尽之责”。云南省疾病预防控制中心坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，坚决贯彻坚定不移全面从严治党战略部署，认真学习贯彻落实《党委（党组）落实全面从严治党主体责任规定》，充分发挥纪委监督职责，多形式开展好常态化教育、警示教育、日常监督等工作，始终以严的基调强化正风肃纪，大力弘扬求真务实作风，深入推进单位党风廉政建设反腐败工作，为中心疾控事业高质量发展提供强有力的政治保障。

在中心党委和上级工会的领导下，围绕中心发展先进生产力、先进文化，代表职工最根本利益开展工会工作，紧密围绕中心发展目标、围绕党委和中心工作开展工会活动，根据《工会法》《工会章程》独立负责创造性地开展工作，依法维护职工的合法权益，发挥工会组织的桥梁、纽带和支柱作用，全心全意为职工服务。2004年获云南省总工会“模范职工之家”称号；2008年获云南省总工会“云南省五一劳动奖状”称号；2017年获中华全国总工会“全国五一劳动奖状”称号。

共青团云南省疾病预防控制中心委员会坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，全面贯彻落实习近平总书记关于青年工作的重要论述，按照团中央、团省委、省卫生健康委机关团委和中心党委安排部署，坚持团组织的政治性、先进性和群众性，不断提升引领力、组织力、服务力和大局贡献度，团结带领团员青年在疾控事业高质量发展中挺身而出、冲锋在前、创先争优，发挥好生力军和突击队作用。2022年被共青团云南省省直机关工作委员会授予“云南省省直机关五四红旗团委”称号；2020年被共青团云南省卫生健康委机关委员会授予“省级卫生健康系统五四红旗团组织”称号