为全面贯彻落实《国家医保局 财政部 国家卫生健康委关于做好新冠病毒疫苗及接种费用保障工作的通知》（医保发〔2021〕15号）精神，云南省医疗保障局 云南省财政厅 云南省卫生健康委员及时印发《会关于做好新冠病毒疫苗及接种费用保障工作的通知》（云医保〔2021〕22号），在受种者知情同意的前提下，居民免费接种在议定价格范围内的新冠病毒疫苗，疫苗及接种费用由接种地支付，不区分是否参加基本医疗保险。疫苗接种专项资金由医保基金负担，财政按照实际接种疫苗及接种费用的比例对医保基金给予补助。
2022年，联合省财政厅社保处、省卫生健康委疾控局、省医疗保障局、省疾控中心已成功召开关于新冠病毒疫苗采购资金清算联席会议。按照会议安排，省疾控中心就《2021年下半年新冠病毒疫苗及接种费用清算中有关价格问题说明》中提出的问题进行认真梳理。
经大量梳理及核对工作，省疾控中心免规所上报有关专题报告及工作请示5个，圆满完成2021年下半年新冠病毒疫苗接种数据医保清算工作。